En los noventa, Víctor Fernández conseguiría, además de ser subcampeón y campeón de la Copa del Rey en 1993 y 1994 respectivamente, el triunfo más grande de la historia del club: ganar la Recopa de Europa en 1995 contra el Arsenal inglés. Dirigió a los blanquillos durante tres temporadas, durante las cuales su equipo logró conseguir la Copa del Rey ante el Real Madrid de los galácticos y la Supercopa de España contra el Valencia.
