Luego de dos malas campañas (dos últimos puestos) Instituto desciende en el campeonato de 1989. Así es como llega la década de 1990, camisetas de futbol shop con el equipo participando por primera vez de la B Nacional. Tras cuatro temporadas en la categoría de bronce, ocupa el puesto 203º en la clasificación histórica de Segunda B, con 174 puntos en 148 partidos, siendo el 23.º equipo filial de la misma. El equipo juvenil del Córdoba milita en uno de los 7 grupos de División de honor, equipacion barcelona 2022 máxima categoría nacional del fútbol juvenil.
